工程审计是依据国家《审计法》等相关规定，对工程概、预算在执行中是否超支，有无隐匿资金、截留基建收入和投资包干结余，以及有无以投资包干结余的名义私分基建投资的违纪行为等。审计是以基建项目为标的，以会计师、审计师为主要从业人员。
询问法。
它是指审计人员通过询问被审计单位参与基建项目管理的负责人、当事人、知情人或施工单位施工员、预算员、知情者，以证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。审计人员通过询问获得的审计线索有可能引出有力的审计证据，揭露事实的真相。所以询问法也是基建工程决算审计直接、常用的一种有效的方法。
开挖法。
它是指审计人员会同被审计单位有关人员与施工单位有关人员到建筑现场，对有疑点的隐蔽工程进行挖开核实工程量与工程价款的方法。开挖法比较直接，容易验证出问题的真假，但工作量大，所以一般实行抽样定点的方式。
标准图审计法。是指对于利用标准图纸或通过图纸施工的工程项目，先集中审计力量编制标准预算或决算造价，以此为标准，进行对比审计的方法。按标准图纸设计或通用图纸施工的工程一般地面以上结构相同，可集中审计力量细审一份预决算造价，作为这种标准图纸的标准造价;或用这种标准图纸的工程量为标准，对照审计。而对局部不同的部分和设计变更部分作单独审查即可。这种方法的优点是时间短、效果好、定案容易;缺点是只适用按标准图纸设计或施工的工程，适用范围小。