通常将其设计为三格化粪池。新鲜的粪便通过厕所管道进入一个水箱。粪便中的沼气开始发酵和分解。由于比重不同，粪便可分为三层。或颗粒肥料。中间层是相对清晰的肥料。上层和下层包含多的和寄生虫卵。中间层包含少数量的卵。初步发酵的中间层液体通过化粪池流向第二个。在第二个单元中，第二个单元在酶分解和沉淀后溢流到第三个单元，第三个单元经过沉淀和过滤，流到下水道。
化粪池是利用沉淀和厌氧发酵原理去除生活污水中悬浮性有机物的处理设备。波纹玻璃钢化粪器内部设有隔板，隔板上的孔上下错位，不易形成短流，并将整下罐体分成三部分；一级厌氧室、二级厌氧室和澄清室，一级、二级厌氧室底部相通，内部加有“MDS专用特型填料”。这样的分隔减少了污水与污泥的接触时间，使酸性发酵和碱性发酵两个过程互不干扰，同时填料的存在增加了污水污泥与的接触表面积，大大提高了反应效率。
按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。
传统化粪池的应用已经有一百多年历史，技术路线是污水和污泥接触的模式，沉积的污泥消化降解产生沼气、二氧化碳、硫化氢等消化气，消化气的上浮作用对污泥产生扰动，消化气对污泥的扰动作用能够让污泥与生物菌群的混合更充分，有助于消化降解。但底部污泥随消化气上升，气泡逸出后，污泥又重新向下沉淀，这些上升和沉淀的污泥又重新污染污水。