生物医药企业在产业化落地和GMP实施过程中，也面临着很多现实的问题，生物医药厂房布局设计、生物与无菌污染风险控制、HVAC系统洁净要求与生物、生物活性废弃物处理……
主工艺流的分区也要考虑生产计划安排的要求，有的车间是单线生产，但有的车间是多产品共线的，企业不望一个生物反应器长期生产不饱和，需要尽可能多的去生产，或者在产品的新增过程中扩大批量，但不想扩大反应器，而是增加一个相同体积的反应器，这样的扩大批量比较容易实现扩大，风险较小。如果是多品种共线还要考虑是两品种交叉生产还是阶段性生产，基于这样的考虑对于防止交叉污染的措施就要考虑的充分一些。
该项目中试车间主要为颗粒剂、片剂和胶囊剂三种剂型产品服务，洁净区采用全室净化与局部净化相结合的净化处理方式，既能保证室内具有一定洁净度，又能在局部区域实现高洁净度环境，从而达到既满足生产对高洁净度环境的要求，又节约能源的双重目的。采用的过滤器是以0.1um尘粒为标准，实现超高洁净度。
②静压差
洁净区与非洁净区之间、不同级别洁净区之间的压差不低于10帕斯卡。相同洁净度级别的不同功能区域(操作间)之间也保持适当的压差梯度，并设有指示压差的装置。洁净室(区)的空气维持一定的正压。易产生粉尘的生产区域，如固体口服制剂的配料、制粒、压片等工序的洁净室(区)的空气压力，与其相邻的室(区)保持相对负压。