商业保函指的是，除了银行以外，由其他商业机构出具的保函，一般出具保函的公司都是专业的担保机构或商业机构的信用担保。商业保函也是包括了很多种的，比如预付款保、农民工工资支付保函、质量保函、投标保函、履约保函等，这些都是属于商业保函。
根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
诉讼保函是指在民事诉讼中，被告方为了保证诉讼效力，向法院出具的一种书面保证证明文件。其主要目的就是为了保护原告方的诉讼利益，降低诉讼风险。通常情况下，被告方会在诉讼保证金的基础上，向法院提供诉讼保函，以便在诉讼中保证自身的责任。
关税保函（Guarantee for the Customs Duties）是指担保银行应进口商（含加工贸易企业）的申请而向海关出具的、保证进口商履行缴纳关税义务的书面文件。关税保函主要包括两种类型，即关税保付保函、加工贸易税款保付保函。