档案盒按照摆放方式的不同，可以分为竖式和横式两种。之所以设计横式档案盒，是为了增加盒内文件与档案盒的接触面，避免文件竖置时“头重脚轻”而发生弯曲折损。从长远考虑，档案盒横放更有利于档案的保护。
现有的档案柜（架）大都未给此种摆放方式留下足够的空间，因此选用横式档案盒时应同时考虑档案柜（架）的状况。机关单位在选用档案盒时，两种格式的档案盒只能选用一种，以简便管理、保证档案盒上架后整齐、美观。
实践中存在将盒号功能扩大化的倾向：
一是在归档章上增加盒号项目或将盒号标注于归档文件首页，将盒号作为归档文件与档案盒之间关联关系的纽带；
二是在电子文件整理中，为实现与纸质文件材料形式上一致，存在把盒作为整理单位，将电子文件以盒为单位进行整理的现象，这两种做法与盒号承载的功能都是相悖的。
实际上，在归档文件的件号已经与盒脊起止件号建立关联关系的情况下，没有必要再通过盒号，在归档文件与档案盒之间建立第二套关联关系。否则既成倍增加了工作量，有可能出现两套关联关系指向不一的情况，增加管理的复杂性。
档案盒盒脊可以根据机关单位的实际需要，与归档章项目相协调，编制其他项目。增减项目的工作应在同级档案行政管理部门的指导下进行。机关档案部门可对栏目位置及尺寸进行一定的调整，以规范、美观为原则。
档案盒使用原则
将归档文件按顺序装入档案盒，并填写档案盒盒脊及备考表项目。不同年度、机构（问题）、保管期限的归档文件不能装入同一个档案盒。
1、不同形成年度的归档文件不能放入同一档案盒；
2、不同保管期限的归档文件不能放入同一档案盒；
3、放入同一档案盒的归档文件应按照档号先后进行排序，小号在前，大号在后；
4、档案盒盒脊和备考表的填写应与盒内档案的情况一致。