运输过程中造成木箱包装破损的原因有三个方面：冲击、振动和压力。首先，汽车、火车等运输工具启动、变速、转向、刹车会使木箱包装的速度改变，运输工具因路面状况、路轨接缝、发动机振动、车辆防震性能、水面风浪、气流强度等因素，产生周期性上下颠簸和摇晃。若堆码松散，没有采取整体固定，木箱包装易与车厢或相邻木箱包装发生碰撞。其次，当运输工具的激励频率等于或很接近于产品的因有频率时，产品将发生共振现象，易造成木箱包装破损。
另外，堆码放置可提高运输工具空间利用率，但是堆码方式不同，木箱包装的稳定性差别显著，底层的木箱包装承受的压力大。同时，底层木箱包装还要承受车厢底板的动压力以及水平位移时产生的摩擦力，而动压力比静压力对木箱包装的危害更大。正是由于各种运输工具或运输方式都有不同的特点，因此在运输或转运之前必须了解木箱包装需要的起重车辆、卡板、集装箱或集装架等联合运输问题，确保木箱包装内易损元件的运输。
运输过程中，对卡板和集装箱进行保护也是一个不可忽视的环节，是影响木箱包装运输的一个重要因素。卡板和集装箱的保护方法应从运输保护、装卸保护等两个方面进行分析。
1、运输保护
实现运输保护的好方法就是集装箱或卡板在货运车厢等运输设备之间的空隙保持很小。该方法不仅避免了碰撞，也能减少棱角的损坏。为了实现这个目的，可以使用空气袋，充满空气的衬垫被放置在货运车皮、集装箱、载重汽车或者货船里，使集装箱或卡板之间、集装箱或卡板与运输设备之间的空隙被充满，可保护集装箱内或卡板上的木箱。在使用空气袋时，首先把它空着放置在需要阻塞的空间里，然后用空气压力进行充气。带有气压计的充／吸通过一个比较长的橡皮管与充气闸门相连，便于操作。收货人能通过用充／吸排放空气袋中的空气，并把它空气袋拿出来存储，可重复使用。一般情况下，空气袋可重复使用30～40次，而且经济、可靠。
2、装卸保护
叉车作为搬运过程中主要的搬运机械，它对集装箱或卡板的装卸保护有直接的影响。叉车作业时，叉车必须叉起使木箱与地面留有空隙，保证木箱被叉车举起。装卸集装箱或卡板时，必须考虑叉车的载重，避免发生倾斜事故。在搬运过程中，集装箱或卡板的外部形态如何，往往是影响装卸的重要因素。